Екипът на проф. Николай Овчаров доказа с помощта на откритите по време на тригодишните си проучвания археологически находки кога са последните дни на средновековната крепост на Перперикон. На базата на оскъдните исторически документи и събрания археологически материал проф. Овчаров е убеден, че последната битка на Перперикон е станала през 1362 г. Тогава българите са се предали под силата на нахлуващите османци. Учените са открили мястото, където османските турци са пробили цитаделата и са влезли в средновековната крепост. За жестокият отпор на защитниците на средновековното кале сочат над 10-те открити скелети, а един от тях е намерен от археолозите затрупан под развалините на крепостта. В района мястото, където е направен пробивът в цитаделата, са открити над 300 единици средновековни оръжия, най-много са върхове от стрели и копия. Открити са 3 железни и един бронзов боздугани. Археолозите са се натъкнали на 20 фрагмента от счупени мечове, саби и ятагани, ножници. Има и 3 счупени алебарди, костени натегачи за арбалети и лъкове, 20 парчета от кавалерийски шпори.

Проф. Овчаров се е натъкнал и на разчленен скелет, вероятно на жертва на наказателна акция на завоевателите, защото краката на трупа са поставени до главата му, а на метри от него са намерени железни пранги, с които са оковавали робите.

След превземането Перперикон е бил разграбен напълно, категоричен е проф. Овчаров. Като пример за това той посочи откритите над 50 поругани литургични кръстове. При проучването са открити и над 100 сребърни монети. 30 от тях са особено редки. Това са турски акчета от времето на емир Орхан, който е оглавявал османската държава до 1359 година. Археолозите са намерили и монети, сечени от Андроник ІІ и Андроник ІІІ, както и парични знаци от Венеция и Егейските острови. Последните като датировка монети са от края на ХІV век, когато според проф. Овчаров, Перперикон е престанал да съществува като крепост. До 1389 г. се предполага, че цитаделата е била използвана от турците като гарнизонен център. След това османските войски са тръгнали на запад, а Перперикон е бил изоставен.